Overhead Verification for Cryptographically Secured Transmission on the Grid

It is well known that the network protocols frequently used in Internet and Local Area Networks do not ensure the security level required for current distributed applications. This is even more crucial for the Grid environment. Therefore asymmetric cryptography algorithms have been applied in order to secure information transmitted over the network. The security level enforced by means of the algorithms is found sufficient, however it introduces additional transmission overhead. In this paper we describe experiments performed in order to evaluate transmission efficiency depending on the security level applied

Ekspresja genów receptorów melatoninowych i genów związanych z regulacją ich aktywności w gruczolakoraku endometrium

Objectives: The aim of the study was to evaluate transcription activity of melatonin receptors and genes associated with regulation of their activity in endometrial adenocarcinoma to identify probable diagnostic and prognostic molecular markers. Material and methods: The material included endometrial adenocarcinoma tissue samples of histopathological grades G1, G2, G3, and normal endometrium. The molecular analysis was performed on 37 patient samples. Total RNA was extracted and used for the microarray HG-U133A analysis. Among 22 283 ID mRNA, only entities of genes associated with regulation of melatonin receptors activity were selected. qRT-PCR was employed for validation, what allowed to compare melatonin receptor genes activation in endometrial cancer tissues to the normal endometrium. Results: The results of the microarray experiments showed that only 18 ID mRNA were differential in endometrial cancer samples as compared to the control at p-value1.5. These genes were identified as differentially expressed in grade G2- ASMTL, GNA11, PER2, PTGDS and in grade G3- GNAI2, GNA11. Silencing of RGS4 encoding RGP4, which regulates signal transmission by G protein, was observed in all cancer groups, independently of the histopathological grade. Conclusions: The profile expression of genes associated with regulation of melatonin receptors activity was different and dependent on the histopathological grade of endometrial cancer and can be an additional diagnostic and prognostic marker. Statistically significant was the down-regulation of melatonin biosynthesis genes (ASMTL) and melatonin signal transmitters (GNA11, GNA12, RTGSCel pracy: Celem pracy była ocena aktywności transkrypcyjnej genów kodujących receptory melatoninowe oraz genów zaangażowanych w ich regulację w gruczolakoraku endometrium pod kątem poszukiwania molekularnych markerów diagnostycznych i prognostycznych tego nowotworu. Materiał i metody: Materiał do badań stanowiły wycinki gruczolakoraka endometrium typu endometrioidalnego w stopniu histologicznego zróżnicowania G1, G2, G3 oraz endometrium prawidłowego. Badania molekularne wykonano u 37 kobiet. Po izolacji RNA z tkanek techniką mikromacierzy oligonukleotydowych HG-U133A (Affymetrix) spośród 22 283 ID mRNA wyznaczono profil stężenia mRNA genów związanych z aktywnością receptorów melatoninowych. Metodą qRT-PCR oceniono zmiany aktywności transkrypcyjnej genów receptorów melatoninowych w wycinkach gruczolakoraka w porównaniu do endometrium prawidłowego. Wyniki: Analiza transkryptomów metodą mikromacierzy ekspresyjnych (Affymetrix) pozwoliła na wytypowanie 18 ID mRNA dla genów związanych z aktywnością receptorów melatoninowych różnicujących raka endometrium od kontroli, przy założeniu, że wartość p1,5. Wśród genów specyficznie różnicujących raka są: w stopniu G2- ASMTL, GNA11, PER2, PTGDS oraz w stopnia G3- GNA12, GNA11. Wyciszenie genu kodującego białko RGS4, regulujące czas i nasilenie przekazywania sygnału przy udziale białka G (negatywnego regulatora) obserwowano we wszystkich wycinkach raka, niezależnie od stopnia zróżnicowania histologicznego. Wnioski: Profil stężenia mRNA genów uczestniczących w regulacji aktywności biologicznej receptorów melatoninowych zależy od stopnia zróżnicowania histologicznego gruczolakoraka endometrium i może stanowić uzupełniający marker diagnostyczny i prognostyczny raka endometrium. Istotne statystycznie obniżenie ekspresji genów zaangażowanych w proces biosyntezy melatoniny (ASMTL) oraz genów kodujących białka związane z transdukcją sygnału receptorów melatoninowych (GNA11, GNA12, RTGS4, HTR2B i GNRH2), mogą stanowić obiecujące ogniwo w podjęciu nowych terapeutycznych rozwiązań w leczeniu gruczolakoraka endometrium

The state, the individual good, and the common good in selected liberal and Christian doctrines

Wiele liberalnych koncepcji ładu społecznego opowiada się za „neutralnością” państwa wobec różnych koncepcji dobra, które są przedmiotem dążenia wolnych osób. Państwo, w myśl doktryny neutralności, nie może opowiadać się za żadną koncepcją dobra; swoim działaniem wspierać lub utrudniać realizację jednych koncepcji dobra w stopniu większym, niż innych. Zasada neutralności jest formą ograniczenia rządu i może ona być uzasadniona ograniczeniami natury poznawczej: władze państwowe nie są w stanie rozpoznać pełni dobra poszczególnych osób i całego społeczeństwa; pełni ona również rolę ochrony społeczeństwa przed tyranią władz państwowych, które mogą narzucać fałszywą koncepcję dobra wspólnego, tak jak miało to miejsce w państwach totalitarnych. Doktryna neutralności może być również uzasadniona względami natury etycznej związanymi z koncepcją dobrego życia: nawet gdyby państwo było w stanie w pełni rozpoznać dobro społeczeństwa i poszczególnych osób, powinno się wstrzymać przed jego narzucaniem. Człowiek ma bowiem prawo błądzić, gdyż tylko życie kierowane „od wewnątrz”, suwerennymi wyborami jednostki, może być dobre. W rozdziale 1 przedstawiono pojęcie neutralności państwa wobec koncepcji dobra. Inny sposób uzasadnienia konieczności neutralności państwa to powołanie się na pluralizm wartości. Jest to pogląd, który uznaje, że istnieje wiele „najwyższych dóbr”, które mogą być przedmiotem dążenia wolnych osób i dobra te są wzajemnie niewspółmierne, tzn. nie poddają się porównaniu według odgórnego, oceniającego kryterium bycia lepszym lub gorszym. Wnioskiem z pluralizmu wartości jest odrzucenie „racjonalnego wyboru” jako ideału liberalnego i opowiedzenie się za liberalizmem politycznym, w którym spory mogą być rozstrzygane jedynie na drodze politycznego kompromisu, a państwo pełni rolę arbitra. Rozdział 2 omawia koncepcje I. Berlina oraz J. Graya. Niektórzy liberałowie przyznają szczególną rolę swoistym cnotom liberalnym (rozdział 3). Pogląd taki może ograniczać się do twierdzenia, że cnoty obywatelskie (polityczne i społeczne) są niezbędne do utrzymania liberalnego ładu. W wersji mocniejszej uznaje się wyższość liberalnego sposobu życia, którego istotą jest swoista internalizacja konfliktu wartości i w konsekwencji „autonomia”, tj. zdolność do „wartościowego wyboru” opartego na dystansowaniu się do własnych silnych i konstytutywnych powiązań i lojalności. Rozdział 3 poświęcony jest omówieniu roli cnót w liberalizmie, ze szczególnym uwzględnieniem koncepcji S. Macedo.Czy postulat neutralności państwa i fakt pluralizmu wartości dają się pogodzić z istnieniem prawdy absolutnej, która jest istotnym elementem tradycji chrześcijańskiej? Nowa koncepcja dobra wspólnego musi brać pod uwagę pluralizm wolnych osób, które mają różne dążenia, co nie pozwala na materialne określenie dobra wspólnego. Dobro wspólne w tej koncepcji ma charakter formalny i opiera się na wzajemnym współdziałaniu cnót obywateli oraz starannie zaprojektowanych instytucji, zorientowanych na wspieranie działań wolnych osób i samorzutne, a nie zaplanowane, kształtowanie się ładu społecznego. Rozdział 4 omawia pojęcie prawdy chrześcijańskiej oraz przedstawie koncepcję dobra wspólnego M. Novaka.Many liberal doctrines of political and social order embrace the notion of neutrality of the state with respect to different conceptions of the good pursued by free individuals. The state, in accordance with the doctrine of neutrality, can not embrace any conception of the good, nor take any actions which help or hinder the achievement of some conception of the good rather than others. Chapter 1 describes the concept of the state neutrality with respect to conceptions of the good.Another way to justify the need for neutrality of the state is through the notion of the pluralism of values. In this view, there are many "highest goods", which may be pursued by free individuals and they are incommensurable, ie, cannot be hierarchized. The conclusion from the plurality of values is the rejection of the "rational choice" as the liberal ideal and the embracement of the political liberalism, in which conflicts are resolved through political compromise, with the state acting as an arbitrator. Chapter 2 discusses the views of I. Berlin and J. Gray on value pluralism.Some liberals acknowledge the vital role of “liberal virtues”. Such a view may be limited to the claim that civic virtues (political and social) are necessary to maintain the liberal order. In its stronger version, this doctrine claims the superiority of the liberal way of life, understood as an “internalization” of the value pluralism leading to the virtue of “autonomous choice”, based on “distancing oneself from one’s strong commitments”. Chapter 3 discusses the role of the virtues in liberalism, with particular emphasis on the doctrine of S. Macedo.Can neutrality of the state and value pluralism be reconciled with the Christian concept of absolute truth? The answer is a new concept of the common good which must take into account the plurality pursuits of free individuals. Such a concept does not allow the common good to be determined as a concrete material good. Rather, the common good is formal in nature and is based on the cooperation of the virtues of citizens, and carefully designed institutions aimed at supporting the pursuits of free individuals, and a spontaneous, not planned, emergence of the social order. Chapter 4 discusses the concept of Christian truth, and the common good according to M. Novak

Monitoring of grid scientific workflows Phd dissertation /

Tyt. z ekranu tytułowego.Praca doktorska. Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica (Kraków), 2009.Zawiera bibliogr.Dostępna także w wersji drukowanej.Tryb dostępu: Internet.E-Science, grid computing, semantic web, applications, models for recording application executions, monitoring infrastructure for grid scientific workflows, key design choices, architecture, representation of monitoring data, sensor, subscription management, advertisement, instrumentation, notes on the prototype implementation of GEMINI, support for on-line collection, resource discovery, alternatives for a monitoring architecture with on-line monitoring support, coordinator, workflow legacy backends, interface, extensions to OMIS towards Grid support, OCM-G monitoring system, selective fine-grained instrumentation, integration of the OCM-G with GEMINI, from monitoring data to experiment information, requirements for an information model of workflow execution records, information sources, sinks, aggregation, querying capabilities over experiment information records, case study, instrumentation, tracing of scientific workflows, K-Wf Grid infrastructure, extensions to monitoring events model, coordinated traffic management workflow, legacy code support example, obtaining, using, ViroLab virtual laboratory, recording the DRS application, querying over DRS execution records, performance evaluation, queuing networks, discrete event simulation, models parameters, simulatio

Integrated Monitoring Framework for Grid Infrastructure and Applications *

Abstract: This paper describes a monitoring framework called GEMINI (Generic Monitoring Infrastructure), developed as part of the EU-IST Project K-WfGrid, intended to collect, store and deliver diverse monitoring information about a variety of resources including Grid infrastructure and applications. GEMINI aims a

Grid Environment for On-line Application Monitoring and Performance Analysis

This paper presents an application monitoring infrastructure developed within the CrossGrid project. The software is aimed at enabling performance measurements for the application developer and in this way facilitating the development of applications in the Grid environment. The application monitoring infrastructure is composed of a distributed monitoring system, the OCM-G, and a performance analysis tool called G-PM. The OCM-G is an on-line, grid-enabled, monitoring system, while G-PM is an advanced graphical tool which allows to evaluate and present the results of performance monitoring, to support optimization of the application execution. G-PM supports build-in standard metrics and user-defined metrics expressed in the Performance Measurement Specification Language (PMSL). Communication between the G-PM and the OCM-G is performed according to a well-defined protocol, OMIS (On-line Monitoring Interface Specification). In this paper, the architecture and features of the OCM-G and G-PM are described as well as an example of use of the monitoring infrastructure to visualize the status and communication in the application, to evaluate the performance, including discovering the reason of the performance flaw